实践中，关于通过招标、拍卖、挂牌方式出让矿业权，以及不经招拍挂直接签订协议出让矿业权的合同法律性质，长期以来存在不同认识，主要为民事合同及行政合同两种观点。

持民事合同的观点认为，矿业权出让合同是国家以矿产资源的所有权人民事主体身份，与矿业权受让人订立的民事合同，是设立矿业权这一用益物权的民事行为。在矿业权的出让中，自然资源主管部门是参与市场活动的民事法律关系的主体，并基于平等自愿原则将矿业权出让给受让人。

法院很多案例均将矿业权出让合同纠纷作为民事案件进行审理，例如：最高人民法院审理的（2019）最高法民终699号案件，即甲公司、某自治区自然资源厅探矿权纠纷二审案件，一审法院及二审法院均将探矿权出让合同纠纷作为民事案件进行审理。

在最高人民法院审理的（2019）最高法民终260号案件中，一审法院已经裁定驳回甲公司因探矿权出让合同纠纷提起的民事诉讼，而最高人民法院二审裁定认为，甲公司以原某省国土资源厅出让过程中存在瑕疵为由，请求解除案涉合同并要求赔偿而提起民事诉讼，一审法院不予受理并无事实依据和法律依据，进而撤销一审裁定，指令一审法院作为民事案件继续审理。

持行政合同的观点认为，矿业权出让合同是国家行政机关行使其行政权力，与矿业权受让人达成的行政合同，这种合同的本质是国家许可矿业权人在特定区块进行勘查和开采矿产资源的行政管理行为，是国家管理矿产资源开发秩序的一种行政行为。

2020年1月1日施行的《最高人民法院关于审理行政协议案件若干问题的规定》（法释〔2019〕17号）第二条规定：“公民、法人或者其他组织就下列行政协议提起行政诉讼的，人民法院应当依法受理：（一）政府特许经营协议；（二）土地、房屋等征收征用补偿协议；（三）矿业权等国有自然资源使用权出让协议；（四）政府投资的保障性住房的租赁、买卖等协议；（五）符合本规定第一条规定的政府与社会资本合作协议；（六）其他行政协议。”

在该司法解释新闻发布会上，最高人民法院明确表示：“司法解释明确了矿业权出让协议等国有自然资源使用权出让协议、符合本解释规定的政府与社会资本合作协议属于行政协议，将这类协议纳入行政诉讼规制的范畴”。

上述司法解释的颁布，对于招拍挂及协议出让矿业权的合同在性质上属于民事合同还是行政合同的争议，划上了句号。我们理解，在该司法解释正式施行后，新受理的矿业权出让合同纠纷均应当作为行政案件，而不应作为民事案件。

并且，由于行政合同不属于可仲裁的范围，故该等协议上如约定有仲裁条款，该等仲裁条款也均应被认定为无效，当事人也无法依据仲裁条款选择仲裁方式解决争议。

另外需要指出的是，矿业权出让合同争议作为民事案件还是作为行政案件，可能对矿业权人利益影响巨大。行政审判司法实践中，法院通常认为行政机关代表公共利益，并倾向于保护行政机关。因此，即使行政机关存在过错，法院也可能无法全部支持矿业权受让人的合理商业诉求，尤其是可能无法保护受让人的预期利益损失。

根据我国的矿业权出让制度改革，我国矿业权出让目前主要存在三种方式，即招标、拍卖、挂牌方式出让，协议出让，以及以申请在先方式出让。

关于招标、拍卖、挂牌方式出让以及协议出让，因最终都会签订矿业权出让合同，故依据司法解释应为行政合同。但对以申请在先方式批准出让矿业权的行为，不应为行政合同，我们认为该种行为的性质应为行政许可。

原国土资源部《关于进一步规范矿业权出让管理的通知》（国土资发〔2006〕12号）第一条“矿业权的分类及出让方式”第二款第（一）项规定：“属于《矿产勘查开采分类目录》规定的第一类矿产的勘查，并在矿产勘查工作空白区或虽进行过矿产勘查但未获可供进一步勘查矿产地的区域内，以申请在先即先申请者先依法登记的方式出让探矿权。”

基于上述规定，我们理解，此种情形下探矿权的授予是行政机关采取批准申请的方式进行的。关于批准矿业权登记申请的法律性质，实践中国土资源主管部门均是按行政许可进行掌握。

《中华人民共和国行政许可法》（2019年4月23日修正，下称“《行政许可法》”）第十二条规定：“下列事项可以设定行政许可：（二）有限自然资源开发利用、公共资源配置以及直接关系公共利益的特定行业的市场准入等，需要赋予特定权利的事项”。上述情形下的矿业权出让属于行政许可，符合行政许可法的明确规定。

原国土资源部政法司负责人就贯彻《行政许可法》答记者问时明确指出：“《行政许可法》中明确规定有限自然资源的开发利用、公共资源配置等需要赋予特定权利的事项可以设定行政许可。它的主要功能是分配有限资源，使有限的自然资源更好地为社会发展服务。这正是国土资源管理部门的职责所在。”

这进一步说明，申请在先和批准矿业权登记申请属于行政许可行为。我国探矿权人和采矿权人持有的权利证照名称为“勘查许可证”和“采矿许可证”，而非“探矿权证”和“采矿权证”，也一定意义上体现了行政机关授予矿业权的行政许可性质。

总之，矿业权受让主体取得矿业权主要基于行政合同和行政许可，基于不同的权利取得方式，矿业权人需关注相关的行政程序或要求，以及相应的纠纷解决程序，并分别适用不同的法律法规规定，以维护自身合法权益。