根据《中华人民共和国土地增值税暂行条例》规定，转让国有土地使用权、地上的建筑物及其附着物并取得收入的单位和个人，为土地增值税的纳税义务人，应当依照本条例缴纳土地增值税。虽然公司在转让股权时，公司的资产状况，包括国有土地使用权、地上的建筑物及其附着物的价值，是决定股权转让价格的重要因素，但不等于公司在股权转让时只要有土地使用权，股权转让的性质就变成了土地使用权转让，股权转让时目标公司并未发生国有土地使用权、地上的建筑物及其附着物转让的行为。从这点看，转让股权确实和土地增值税没有什么关系。

　　《财政部、国家税务总局关于土地增值税一些具体问题规定的通知》（财税[1995]48号）（以下简称“48号文”）规定：“三、关于企业兼并转让房地产的征免税问题：在企业兼并中，对被兼并企业将房地产转让到兼并企业中的，暂免征收土地增值税。”根据上述规定，企业为了规避转让房地产过程中发生的土地增值税，常常会以股权转让的方式转让房地产。

　　国家税务总局只是批复应该应依照《土地增值税暂行条例》的规定征收土地增值税，但并未具体明确由谁缴纳土地增值税，再结合我们对《土地增值税暂行条例》及其实施细则的学习来看，实际持有房产和土地的被投资企业并没有发生房产和土地出售或者其他方式有偿转让行为，那么为何缴纳呢？原股东只是转让了股权，也不应该缴纳啊！

　　对于企业兼并过程中的房地产转让行为，根据48号文的规定，可暂免征收土地增值税。但是，48号文在实施的过程中却遇到了大量企业或个人以股权转让方式转让房地产的问题。2000年，广西壮族自治区地税曾就此请示国家税务总局。而国家税务总局在其《国家税务总局关于以转让股权名义转让房地产行为征收土地增值税问题的批复》（国税函[2000]687号）中回复称：《关于以转让股权名义转让房地产行为征收土地增值税问题的请示》（桂地税报[2000]32号）收悉。鉴于深圳市能源集团有限公司和深圳能源投资股份有限公司一次性共同转让深圳能源（钦州）实业有限公司100％的股权，且这些以股权形式表现的资产主要是土地使用权、地上建筑物及附着物，经研究，对此应按土地增值税的规定征税。

　　根据该批复，以股权转让之名行房地产转让之实的行为是应当按照土地增值税的规定进行征税的。但是该文件有两个问题：一是其自身的效力问题，二是该文件所规范的行为界定问题。

　　第一，国税函[2000]687号是国家税务总局答复广西壮族自治区地方税务局的文件，对广西壮族自治区地方税务局及抄送的机关有法律效力，但其他税务机关遇到相同情形事项是否参照执行一直存在争议。依据相关行政法规和国税发[2004]132号规定，国税函属部门规范性文件，具有一定的法律效力，效力位阶在税收法律、行政法规、部门规章之后。批复是用于答复下级机关请示事项的公文。因此严格地来说687号文只是对请示税务机关所请示的事项具有法律效力，同时也对抄送的机关也有法律效力，但是其他税务机关遇到性质相同的事项也是可以选择参照执行的。现在全国各地税务机关对该文件执行口径不一致，有参照执行的，也有未按照执行的。执行与不执行的选择权力在主管税务机关。

　　第二，该批复仅是根据个案的批复，并未给出适用情形的界定标准。财政部、国家税务总局于2006年出台了规范土地增值税税收优惠问题的规定。根据《财政部、国家税务总局关于土地增值税若干问题的通知》（财税[2006]21号）规定，“五、关于以房地产进行投资或联营的征免税问题：对于以土地（房地产）作价入股进行投资或联营的，凡所投资、联营的企业从事房地产开发的，或者房地产开发企业以其建造的商品房进行投资和联营的，均不适用《财政部、国家税务总局关于土地增值税一些具体问题规定的通知》（财税字[1995]048号）第一条暂免征收土地增值税的规定。”然而，该文件只对财税[1995]48号文的第一条以房地产进行投资或联营的征免税问题进行了重新明确，但有关合作建房、企业兼并转让房地产的征免税问题新文件并没有包括其中。也就是说，48号文中的关于企业兼并转让房地产的暂免征收土地增值税的规定依然有效。那么在2000年已经出现相关批复的情况下，为何财税[2006]21号文未将这种“以股权转让之名行转让房地产之实”的行为明确排除在48号文“暂免征收”的情形之外呢？

　　“暂免征税”属于一种税收优惠措施。税收优惠，是指国家在税收方面给予纳税人和征税对象的各种优待的总称，是政府通过税收制度，按照预定目的，减除或减轻纳税义务人税收负担的一种形式。税收优惠政策通常是为了实现一定的经济调控目标而实施的，根据纳税人的纳税能力依法进行税收减免，以体现量能课税原则，并起到对特定产业或行业的鼓励、扶持作用。48号文第3条关于企业兼并转让房地产的征免税问题规定：“在企业兼并中，对被兼并企业将房地产转让到兼并企业中的，暂免征收土地增值税。”首先，这种暂免征收不等于免税，即对于该部分的土地增值税不是被直接免除，免税条文的表述如48号文中的第5条关于个人互换住房的征免税问题规定“对个人之间互换自有居住用房地产的，经当地税务机关核实，可以免征土地增值税。”其次，这种暂免征收的具有期限性、临时性。48号文第3条仅规定暂免征收而未规定后续征收的时间，根据前面分析的土地增值税因其流转而征税的性质，我们认为后续征收应发生在下一次土地流转的环节，由于下一次的土地流转环节发生时间不确定，因此法律不就暂免征收作出固定的时限规定具有合理性。

　　在中华人民共和国最高人民法院民事判决书[(2014)民二终字第264号]中，上诉方瑞尚公司不服原审判决，提起上诉，在其上述理由中称：“……首先，以股权转让方式实现土地使用权转让目的的行为属于典型的规避法律的行为。一方面规避了我国税法对于土地使用权转让交易的税收规定。股权转让只需缴纳企业或者个人所得税等少数税种，而避免缴纳了土地使用权交易中应缴的契税、营业税和土地增值税等税款；另一方面规避了房地产法对于不得非法转让土地使用权的规定。由于股权转让不涉及土地使用权权属变更，因此当事人无需办理使用权的变更登记，而只进行股东变更登记。因此，以股权转让方式实现土地使用权转让目的的行为其内容实质性违法，应当认定其为无效。其次，本案三份股权转让协议与在工商登记机关备案的股权转让合同约定不一致。两份股权转让协议的转让价款明显低于实际执行的转让协议的约定，采取平价转让股权的假象，其目的也是规避国家税法，逃避个人所得税，是不合法的。

　　《股权转让协议》和两份补充协议名为股权转让，实际上是将乘风公司的土地使用权以及房产、附属设施、机械设备、办公设备、绿化苗木等资产一揽子进行转让。双方的缔约目的也正是通过借股权转让变相进行土地使用权及资产的整体转让。因此，本案所涉的股权转让协议全部无效。”

　　通过上述分析可知48号文第3条仅是规定土地增值税的暂免征收，不等于该部分税收被直接免除。同时，暂免征收的税收优惠期限持续到土地的下一次流转环节为止。

　　实践中，发生股权转让行为如果能确定下一环节能征收到土地增值税，如股权转让后得到的是在建工程项目，建设完成后出售房地产，则股权转让环节通常税务机关会认可暂免征收。但如果通过股权转让的房地产成为股权拥有者的固定资产自用，转让后不能征到土地增值税了，则税务机关会要求企业必须清算。

文章来源：增值税案件资深律师税务网