1、承租租赁房屋产权不明或瑕疵的房屋，承租人的权益将无法得到很好保障。因此，建议：

第一，承租前核实权属。承租方在签订商业地产租赁协议前需要核实房屋产权证书的原件，必要时还应在房屋交易中心查询房屋权属登记情况。通过对出租方主体资格的审查，可以核实房屋租赁协议的出租方与产权证书登记的所有权人是否一致。同时如果出租方并非房屋所有权人，而是代理出租、委托出租，则需要出租方提供房屋所有权人的委托书等法律文件;如果出租房屋是两人以上共有的，则需要得到全体房屋所有权人的同意或授权。通过对该物业的权属情况进行调查，还可以确认租赁房屋是否存在权利负担或瑕疵。例如司法机关和行政机关依法裁定、决定查封或者以其他形式限制房地权利的，权属有争议的物业就不能进行租赁。

第二，关于租赁房屋设立抵押的问题。《民法典》（于2021年1月1日生效）第405条规定：“抵押权设立前，抵押财产已经出租并转移占有的，原租赁关系不受该抵押权的影响。”因此，如果房屋出租后设立抵押的，该租赁关系不受影响。如果房屋先抵押，后出租的，出租方应该书面告知承租人，律师建议双方在租赁协议中明确约定当抵押权实现造成租赁协议解除的，出租方应承担的法律责任。

2、在商铺租赁过程中，承租人通常会按照自己的要求对房屋进行装修。就装修问题事先约定不明而引发的租赁纠纷日渐增多。对此，建议：

第一、关于装修范围必须书面征得出租人的同意。承租人在装修前，应将房屋装修设计方案取得出租人认可;明确承租人违反上述约定应承担的恢复原状、赔偿损失、支付违约金等责任。

第二、不能损害原房屋主体结构，影响房屋建筑安全。为防止因承租人装修造成房屋结构破坏，出租人可以要求承租人预先支付一定数额的钱款作为装修保证金，以保证承租人履行其装修条款中约定的义务。

第三、协议期满或提前终止时，装修折旧与补偿方式一定要约定清楚。如因承租人违约导致租赁提前终止时，承租人无权要求出租人给予装修补偿。双方还应在装修条款中明确非因承租人原因而导致租赁提前终止时，出租人的装修补偿义务和补偿标准。

3、商户租用商铺经过多年经营后，在一定的范围内会形成一定的商业影响，这无疑是一种无形资产。如果租期届满后出租人将商铺收回，他们就要承受着这种无形的损失。为此，大多数承租人希望能享受该商铺的优先承租权，但是全国性法律并没有明确规定承租人的优先承租权，面对如何要保障自己的优先承租权，建议承租人可以协议中约定。

第一，明确定义什么是“出租人继续出租”，比如出租人要自用，那么自用的期限可以加以限制，比如至少自用1年，否则视为出租人违约，应承担一定数额的违约赔偿责任。这样可以防止出租人收回房屋自用1天然后出租以阻断“继续出租”的情形。

第二，约定什么是“同等条件”，如租金上下不超过10%就算同等条件，比如原租金是10000元，其他人员出的价格只要不超过11000元，承租人就有权以10000元继续承租，这样可以防止侵害优先承租权的情形出现。

4、租赁协议的解除也涉及到多方原因，将其分别在协议中加以明确可以更好地保护当事人的权利。

第一，约定出租方的义务及其违约导致协议解除的责任承担方式。例如，明确出租方对于相关手续的协助办理义务，如果相关手续无法办妥或者由于其他非承租人原因导致无法开业的，承租人有权解约退租并获得损失赔偿。

第二，约定由于第三方原因使协议无法继续履行时的协议解除条款。比如由于政府规划的变化，导致商铺被拆除。这种情况下，房东可以得到相应的补偿，但承租方却不能直接得到这种补偿。对此，可以在协议里约定在双方都没有过失的情况下，须解除协议的，承租方应得到一定的补偿。

第三，约定承租方在欠租达到一定金额和时间时，出租方享有协议解除权。在满足协议解除条件的情况下，如出现商户拒绝腾退房屋和不偿还欠款的情形，开发企业大都会采取强制收回房屋的措施。但是律师建议：开发企业不能以商户欠租为由而随意侵犯商户财产的所有权，双方当事人可以事先在租赁协议中作出约定：例如租赁协议到期或提前解除协议的，租赁人遗留在商铺内的物品应当在3日内处理完毕，否则，该物品视为弃置物，由出租方任意处理。

租赁协议到期或提前解除协议的，应将该商铺恢复原状，恢复原状的费用由承租方承担。如未将该商铺恢复原状的，出租方可代为进行，费用由承租方承担。

二、店铺租赁合同的违约责任条款可以这么约定

1.符合本合同第九条第1.2项的约定，非违约方有权解除合同，并有权要求违约方按当年租金的_______支付违约金，违约金不足以弥补经济损失的，还应赔偿对方的经济损失;

2.乙方应如期交付租金，如乙方未经甲方同意逾期交付。甲方有关要求乙方按当年租金的_______支付违约金，违约金不足以弥补经济损失的，还应赔偿经济损失;

3.租赁期满，乙方应如期交还该房屋，如乙方未经甲方同意逾期交还。甲方有关要求乙方按当年租金的_______支付违约金，违约金不足以弥补经济损失的，还应赔偿经济损失。