合作建房，是开发企业拿地的重要途径之一。由于《土地增值税暂行条例》、《土地增值税暂行条例实施细则》及相关文件尚不够细化，在清算实务中对于合作建房的判定仍存在一定问题和争议。

案例解读

甲房地产开发公司（以下简称“甲公司”）与乙经济开发公司（以下简称“乙公司”）签订合作建房协议，共同开发A房地产项目，甲公司负责投入资金及全部开发活动，乙公司将其所有的土地使用权投入该项目，建成后乙公司分得30%的房产，甲公司分得其余房产。后经协商，乙公司将分得房产的住宅部分以2000元/平方米出售给甲公司，共分得价款1200万元，其余4000平方米商铺自用，并开具转让土地使用权的发票给甲公司。

情况一

若乙公司只取得房屋自用。

根据财政部、国家税务总局《关于土地增值税一些具体问题规定的通知》（财税字[1995]48号）规定，对于一方出地，一方出资金，双方合作建房，建成后按比例分房自用的，暂免征土地增值税，建成后转让的，应征收土地增值税。

因此，对乙公司暂免征收土地增值税，以后该公司将分得的房产转让应首先按转让土地使用权计算合作建房需缴纳的土地增值税，以分得房产当时的公允价值作为转让土地使用权的收入，再对转让的房产按转让旧房及建筑物征收土地增值税。

其公允价值可按国税发[2006]187号文件第三条第（一）款的要求确认：

1.按本企业在同一地区、同一年度销售的同类房地产的平均价格确定；

2.由主管税务机关参照当地当年、同类房地产的市场价格或评估价值确定。

对甲公司来说，相当于用其建好的房产换取土地使用权，其应将分给乙公司房产的公允价值计入开发成本，并将该部分公允价值计入销售收入。

情况二

若乙公司将土地使用权作价投入甲公司，换取甲公司一定股份再由甲公司开发该项目。

根据财税[2006]21号文件的规定，自2006年3月2日起，对于以土地（房地产）作价投资入股进行投资或联营的，凡所投资、联营的企业从事房地产开发的，或者房地产开发企业以其建造的商品房进行投资和联营的，均不适用财税字[1995]48号文件第一条暂免征收土地增值税的规定，应按规定缴纳土地增值税。

所以，应将乙公司所获取甲公司股份的协议价或评估价作为转让收入，按转让土地使用权计算其应缴土地增值税。对甲公司来说，应将乙公司投入的土地协议价或评估价作为取得土地使用权的成本在清算土地增值税时予以扣除。

情况三

若乙公司获取的是部分货币资金和部分房产，如例中所述，乙公司得到1200万元现金及4000平方米商铺。

根据财税字[1995]48号文件的规定，其分得的商铺暂免征收土地增值税，但其分得的现金应征收土地增值税。

在现行规定下，乙公司应进行如下处理： 

（一）对于乙公司取得的现金部分，应按照配比原则，与取得土地使用权的成本配比计算土地增值税。如乙公司获取的房产公允价值为2000万元，而该地块土地使用权成本为1600万元，在不考虑其他税费的情况下，则允许扣除的土地使用权成本＝1600÷（2000＋1200）×1200＝600（万元），增值额＝1200－600＝600（万元），应纳土地增值税额＝600×40%－600×5%＝210（万元）。

（二）对于分得的房产部分，处理方式为分房自用，暂不征收土地增值税，待其对外销售后再分别按转让土地使用权和销售旧房缴纳土地增值税。

对于甲公司，应将分给乙公司的现金加上房产的公允价值作为取得土地使用权的成本计入扣除项目，同时将房产的公允价值作为销售收入计算应缴纳土地增值税。

对于合作建房行为，应界定为非货币资产交换还是投资行为是进行土地增值税清算处理的前提。

若为非货币资产交换，则出地方按转让土地使用权给出资方处理；若为投资行为，则应将出资方支付的股权价值和货币资金之和在该项目的开发成本中扣除。

出资方支付给出地方的现金视为投资对价差异，为土地使用权的公允价值大于双方确定的股权价值的差额。界定基础应看合作建房的协议，若出地方承担项目开发的风险并享有开发利润，应视为投资行为；若只是获得固定面积的房产，不承担风险收益的，则应界定为非货币资产交换。

从上述分析可以看出，对于合作建房进行商品房开发项目来说，土地增值税清算涉及出地、出资双方，计算过程复杂，容易产生税企争议，对出地方清算的后续管理存在困难，如出地方再转让分得房产时，很容易忽视对其转让土地使用权的清算，造成国家税款流失。同时，很多房地产开发企业利用关联方合作建房来逃避或延迟土地增值税纳税义务，给该税种的征管带来困难。